W dwa lata po rozwiązaniu Mystery Inc. następuje niespodziewany zwrot akcji. Scooby-Doo, Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Velma (Linda Cardellini) i Shaggy (Matthew Lillard) spotykają się mimo różnic, które ich podzieliły. Udają się na kochaną przez studentów Wyspę Strachów. Ich zadaniem ma być odkrycie źródła paranormalnych wydarzeń i zdemaskowanie ich nikczemnych sprawców.