Clark, pobożny katolik, oddany papieżowi i Polsce, od samego początku wydawał się z nimi dosłownie związany. Czwartego stycznia, w pierwszy dzień pracy, otrzymał list od Jana Pawła II, będący odpowiedzią na dwa listy Reagana, wysłane do papieża w ciągu minionych dwóch tygodni. Papież pisał, że popiera podjęte przez administrację kroki przeciwko stanowi wojennemu w Polsce i uważa je za uzupełniające do moralnego nacisku, który sam zamierza wywierać. Podbudowany tą odpowiedzią, nowy doradca do spraw bezpieczeństwa narodowego napisał dwie notatki do Reagana (obie odtajnione dopiero w lipcu 2000 roku), podsumowując reakcję papieża i donosząc z radością, że list Jana Pawła II ?wyraźnie wskazuje?, iż popiera on działania i cele Reagana, uważając ?swoje działania za uzupełniające wobec naszych? Istniały jednak ograniczenia tego, co papież może, a czego nie może zrobić publicznie, i notatki Clarka odzwierciedlały ten fakt. Papież ? donosił Clark - uprzedzał, że nie może ?publicznie wyrazić tego poparcia w sposób tak otwarty, jakbyśmy sobie tego życzyli?. Ten brak otwartego poparcia spowodował problemy w relacjach z Europą Zachodnią, szczególnie rządem zachodnioniemieckim, który - dążąc do łagodniejszej polityki w stosunku do nowych władz w Polsce - oznajmił, że jego stanowisko jest zbieżne ze stanowiskiem Watykanu. Clark powiedział, że jest wręcz przeciwnie ? list papieża jasno świadczył, że Watykan znajduje się bliżej Waszyngtonu niż Bonn.