Imponujący dorobek Haleckiego obejmuje wszechstronny i do dziś niezastąpiony opis dziejów unii jagiellońskiej, próbę określenia miejsca i granic Europy Środkowo-Wschodniej w historii kontynentu. Zaproponował nową chronologię dziejów powszechnych, wprowadzając pojęcia epoki śródziemnomorskiej, europejskiej - tożsamej z dominacją chrześcijaństwa - oraz atlantyckiej. Zawdzięczamy mu także liczne studia poświęcone historii Kościoła.