Niezwykle ważnym i dramatycznym punktem przełomowym w historii zakonu joannitów, po którym aż do dzisiejszych czasów nic już nie zagrażało jego dalszej egzystencji, była niecodzienna w swej determinacji obrona Malty w 1565 roku. Stanowiła ona na owe czasy obronę niezwykłą. Chociaż wszystko przemawiało wtedy przeciwko joannitom na Malcie, zarówno gorsze uzbrojenie i słabe fortyfikacje, jak i spóźnione dostawy broni i żywności, a przede wszystkim znaczne opóźnienie militarnej pomocy, kilkuset kawalerów zakonnych wspartych ponad tysięcznym kontyngentem zaciężnych żołnierzy oraz oddziałem ochotników, miejscowym pospolitym ruszeniem i grupą... byłych galerników, oparło się wielotysięcznej, niepokonanej dotychczas armii, jaką przeciwko wyspie, siedzibie zakonu, wysłał sułtan osmański Sulejman I Wspaniały.