Nowy Jork, 1896 rok. Miastem wstrząsają makabryczne zabójstwa chłopców-prostytutek. Skorumpowani policjanci prowadzą oficjalne śledztwo, ale niezależnie od nich działa tajemna grupa powołana przez Theodore'a Roosevelta. Najważniejszy w tej grupie jest tytułowy alienista, Laszlo Kreizler, który wykorzystuje całą swą wiedzę, by przeniknąć najmroczniejsze zakamarki umysłu mordercy i w ten sposób wpaść na jego trop.